خلیفه سوم در عهد خلافت خود حکومت شام را که در راءس آن از خویشاوندهاى اموى او معاویه قرار داشت ، بیش از پیش تقویت مى کرد و در حقیقت سنگینى خلافت ، در شام متمرکز بود و تشکیلات مدینه که دارالخلافه بود جز صورتى در بر نداشت ⁽⁴⁰⁾ خلافت خلیفه اول با انتخاب اکثریت صحابه و خلیفه دوم با وصیت خلیفه اوّل و خلیفه سوم با شوراى شش نفرى که اعضا و آیین نامه آن را خلیفه دوم تعیین و تنظیم کرده بود، مستقر شد. و روى هم رفته سیاست سه خلیفه که 25 سال خلافت کردند در اداره امور این بود که قوانین اسلامى بر طبق اجتهاد و مصلحت وقت که مقام خلافت تشخیص دهد، در جامعه اجرا شود و در معارف اسلامى این بود که تنها قرآن بى اینکه تفسیر شود یا مورد کنجکاوى قرار گیرد خوانده شود و بیانات پیغمبر اکرم صلّى اللّه علیه و آله و سلّم (حدیث ) بى اینکه روى کاغذ بیاید روایت شود و از حدود زبان و گوش تجاوز نکند.
کتابت ، به قرآن کریم انحصار داشت و در حدیث ممنوع بود ⁽⁴¹⁾ پس از جنگ یمامه که در سال دوازده هجرى قمرى خاتمه یافت و گروهى از صحابه که قارى قرآن بودند در آن جنگ کشته شدند، عمر بن الخطاب به خلیفه اول پیشنهاد مى کند که آیات قرآن در یک مصحف جمع آورى شود، وى در پیشنهاد خود مى گوید اگر جنگى رخ دهد و بقیه حاملان قرآن کشته شوند، قرآن از میان ما خواهد رفت ، بنابراین ، لازمست آیات قرآنى را در یک مصحف جمع آورى کرده به قید کتابت در بیاوریم ⁽⁴²⁾ ، این تصمیم را در باره قرآن کریم گرفتند با اینکه حدیث پیغمبر اکرم صلّى اللّه علیه و آله و سلّم که تالى قرآن بود نیز با همان خطر تهدید مى شد و از مفاسد نقل به معنا و زیاده و نقیصه و جعل و فراموشى در امان نبود ولى توجهى به نگهدارى حدیث نمى شد بلکه کتابت آن ممنوع و هرچه به دست مى افتاد سوزانیده مى شد تا در اندک زمانى کار به جایى کشید که در ضروریات اسلام مانند نماز، روایات متضاد به وجود آمد و در سایر رشته هاى علوم در این مدت قدمى برداشته نشد و آنهمه تقدیش و تمجید که در قرآن و بیانات پیغمبر اکرم نسبت به علم و تاءکید و ترغیب در توسعه علوم وارد شده بى اثر ماند و اکثریت مردم سرگرم فتوحات پى در پى اسلام و دلخوش به غنایم فزون از حد که از هر سو به جزیرة العرب سرازیر مى شد، بودند و دیگر عنایتى به علوم خاندان رسالت که سرسلسله شان على علیه السّلام بود و پیغمبر اکرم صلّى اللّه علیه و آله و سلّم او را آشناترین مردم به معارف اسلام و مقاصد قرآن معرفى کرده بود نشد، حتى در قضیه جمع قرآن (با اینکه مى دانستند پس از رحلت پیغمبر اکرم صلّى اللّه علیه و آله و سلّم مدتى در کنج خانه نشسته و مصحف را جمع آورى نموده است ) وى را مداخله ندادند حتى نام او را نیز به زبان نیاوردند ⁽⁴³⁾ .
اینها و نظایر اینها امورى بود که پیروان على علیه السّلام را در عقیده خود راسختر و نسبت به جریان امور، هشیارتر مى ساخت و روز به روز بر فعالیت خود مى افزودند. على نیز که دستش از تربیت عمومى مردم کوتاه بود به تربیت خصوصى افراد مى پرداخت .
در این 25 سال ، سه تن از چهار نفر یاران على علیه السّلام که در همه احوال در پیروى او ثابت قدم بودند (سلمان فارسى و ابوذر غفارى و مقداد) در گذشتند ولى جمعى از صحابه و گروه انبوهى از تابعین در حجاز و یمن و عراق و غیر آنها در سلک پیروان على درآمدند و در نتیجه پس از کشته شدن خلیفه سوم ، از هر سوى به آن حضرت روى نموده و به هر نحو بود با وى بیعت کردند و وى را براى خلافت برگزیدند.
انتهاى خلافت به امیرالمؤ منین على (ع ) و روش آن حضرت 
خلافت على علیه السّلام در اواخر سال 35 هجرى قمرى شروع شد و تقریبا چهار سال و پنج ماه ادامه یافت . على علیه السّلام در خلافت ، رویه پیغمبر اکرم صلّى اللّه علیه و آله و سلّم را معمول مى داشت ⁽⁴⁴⁾ و غالب تغییراتى را که در زمان خلافت پیشینیان پیدا شده بود به حالت اولى برگردانید و عمال نالایق را که زمام امور را در دست داشتند از کار برکنار کرد ⁽⁴⁵⁾ . و در حقیقت یک نهضت انقلابى بود و گرفتاریهاى بسیارى در بر داشت .
على علیه السّلام نخستین روز خلافت در سخنرانى که براى مردم نمود چنین گفت :((آگاه باشید! گرفتارى که شما مردم هنگام بعثت پیغمبر خدا داشتید امروز دوباره به سوى شما برگشته و دامنگیرتان شده است . باید درست زیر و روى شوید و صاحبان فضیلت که عقب افتاده اند پیش افتند و آنان که به ناروا پیشى مى گرفتند، عقب افتند (حق است و باطل و هر کدام اهلى دارد باید از حق پیروى کرد) اگر باطل بسیار است چیز تازه اى نیست و اگر حق کم است گاهى کم نیز پیش مى افتند و امید پیشرفت نیز هست . البته کم اتفاق مى افتد که چیزى که پشت به انسان کند دوباره برگشته و روى نماید)) ⁽⁴⁶⁾ .
على علیه السّلام به حکومت انقلابى خود ادامه داد و چنانکه لازمه طبیعت هر نهضت انقلابى است ، عناصر مخالف که منافعشان به خطر مى افتد از هر گوشه و کنار سر به مخالفت برافراشتند و به نام خونخواهى خلیفه سوم ، جنگهاى داخلى خونینى برپا کرداند که تقریبا در تمام مدت خلافت على علیه السّلام ادامه داشت به نظر شیعه ، مسببین این جنگهاى داخلى جز منافع شخصى منظورى نداشتند و خونخواهى خلیفه سوم ، دستاویز عوامفریبانه اى بیش نبود و حتى سوء تفاهم نیز در کار نبود ⁽⁴⁷⁾ .
سبب جنگ اول که ((جنگ جمل )) نامیده مى شود، غائله اختلاف طبقاتى بود که از زمان خلیفه دوم در تقسیم مختلف بیت المال پیدا شده بود. على علیه السّلام پس از آنکه به خلافت شناخته شد، مالى در میان مردم بالسویه قسمت فرمود ⁽⁴⁸⁾ چنانکه سیرت پیغمبر اکرم نیز همانگونه بود و این روش زبیر و طلحه را سخت برآشفت و بناى تمرد گذاشتند و به نام زیارت کعبه ، از مدینه به مکه رفتند و ام المؤ منین عایشه را که در مکه بود و با على علیه السّلام میانه خوبى نداشت با خود همراه ساخته به نام خونخواهى خلیفه سوم ! نهضت و جنگ خونین جمل را برپا کردند ⁽⁴⁹⁾ .
با اینکه همین طلحه و زبیر هنگام محاصره و قتل خلیفه سوم در مدینه بودند از وى دفاع نکردند ⁽⁵⁰⁾ و پس از کشته شدن وى اولین کسى بودند که از طرف خود و مهاجرین با على بیعت کردند ⁽⁵¹⁾ و همچنین ام المؤ منین عایشه خود از کسانى بود که مردم را به قتل خلیفه سوم تحریص مى کرد ⁽⁵²⁾ و براى اولین بار که قتل خلیفه سوم را شنید به وى دشنام داد و اظهار مسرت نمود. اساسا مسببین اصلى قتل خلیفه ، صحابه بودند که از مدینه به اطراف نامه ها نوشته مردم را بر خلیفه مى شورانیدند.
سبب جنگ دوم که جنگ صفین نامیده مى شود و یک سال و نیم طول کشید، طمعى بود که معاویه در خلافت داشت و به عنوان خونخواهى خلیفه سوم این جنگ را برپا کرد و بیشتر از صدهزار خون ناحق ریخت و البته معاویه در این جنگ حمله مى کرد نه دفاع ، زیرا خونخواهى هرگز به شکل دفاع صورت نمى گیرد.
عنوان این جنگ ((خونخواهى خلیفه سوم )) بود با اینکه خود خلیفه سوم در آخرین روزهاى زندگى خود براى دفع آشوب از معاویه استمداد نمود وى با لشگرى از شام به سوى مدینه حرکت نموده آنقدر عمدا در راه توقف کرد تا خلیفه را کشتند آنگاه به شام برگشته به خونخواهى خلیفه قیام کرد ⁽⁵³⁾ .
و همچنین پس از آنکه على علیه السّلام شهید شد و معاویه خلافت را قبضه کرد، دیگر خون خلیفه سوم را فراموش کرده ، قتله خلیفه را تعقیب نکرد!!
پس از جنگ صفین ، جنگ نهروان درگرفت ، در این جنگ جمعى از مردم که در میانشان صحابى نیز یافت مى شد، در اثر تحریکات معاویه در جنگ صفین به على علیه السّلام شوریدند و در بلاد اسلامى به آشوبگرى پرداخته هرجا از طرفداران على علیه السّلام مى یافتند مى کشتند، حتى شکم زنان آبستن را پاره کرده جنینها را بیرون آورده سر مى بریدند ⁽⁵⁴⁾ .
على علیه السّلام این غائله را نیز خوابانید ولى پس از چندى در مسجد کوفه در سر نماز به دست برخى از این خوارج شهید شد.
بهره اى که شیعه از خلافت پنجساله على (ع ) برداشت 
على علیه السّلام در خلافت چهار سال و نُه ماهه خود اگر چه نتوانست اوضاع درهم ریخته اسلامى را کاملاً به حال اولى که داشت برگرداند ولى از سه جهت عمده موفقیت حاصل کرد:
1 - به واسطه سیرت عادله خود، قیافه جذاب سیرت پیغمبراکرم صلّى اللّه علیه و آله و سلّم را به مردم ، خاصه به نسل جدید نشان داد، وى در برابر شوکت کسرایى و قیصرى معاویه در زى فقرا و مانند یکى از بینواترین مردم زندگى مى کرد. وى هرگز دوستان و خویشاوندان و خاندان خود را بر دیگران مقدم نداشت و توانگرى را به گدایى و نیرومندى را به ناتوانى ترجیح نداد.
2 - با آن همه گرفتاریهاى طاقت فرسا و سرگرم کننده ، ذخایر گرانبهایى از معارف الهیه و علوم حقه اسلامى را میان مردم به یادگار گذاشت .
مخالفین على علیه السّلام مى گویند: وى مرد شجاعت بود نه مرد سیاست ؛ زیرا او مى توانست در آغاز خلافت خود، با عناصر مخالف ، موقتا از در آشتى و صفا در آمده آنان را با مداهنه راضى و خشنود نگهداردو بدین وسیله خلافت خود را تحکیم کند سپس به قلع و قمعشان بپردازد.
ولى اینان این نکته را نادیده گرفته اند که خلافت على یک نهضت انقلابى بود و نهضتهاى انقلابى باید از مداهنه و صورت سازى دور باشد. مشابه این وضع در زمان بعثت پیغمبر اکرم صلّى اللّه علیه و آله و سلّم نیز پیش آمد و کفار و مشرکین بارها به آن حضرت پیشنهاد سازش دادند و اینکه آن حضرت به خدایانشان متعرض نشود ایشان نیز کارى با دعوت وى نداشته باشند ولى پیغمبر اکرم صلّى اللّه علیه و آله و سلّم نپذیرفت با اینکه مى توانست در آنروزهاى سخت ، مداهنه و سازش کرده موقعیت خود را تحکیم نماید، سپس به مخالفت دشمنان قد علم کند. اساسا دعوت اسلامى هرگز اجازه نمى دهد که در راه زنده کردن حقى ، حق دیگرى کشته شود یا باطلى را با باطل دیگرى رفع نمایند و آیات زیادى در قرآن کریم در این باره موجود است ⁽⁵⁵⁾ .
گذشته از اینکه مخالفین على در راه پیروزى و رسیدن به هدف خود از هیچ جرم و جنایت و نقض قوانین صریح اسلام (بدون استثنا) فرو گذارى نمى کردند و هر لکه را به نام اینکه صحابى هستند و مجتهدند، مى شستند ولى على به قوانین اسلام پایبند بود.
از على علیه السّلام در فنون متفرقه عقلى و دینى و اجتماعى نزدیک به یازده هزار کلمات قصار ضبط شده ⁽⁵⁶⁾ و معارف اسلامى را ⁽⁵⁷⁾ در سخنرانیهاى خود با بلیغترین لهجه و روانترین بیان ایراد نموده ⁽⁵⁸⁾ وى دستور زبان عربى را وضع کرد و اساس ‍ ادبیات عربى را بنیاد نهاد. وى اول کسى است در اسلام که در فلسفه الهى غور کرده ⁽⁵⁹⁾ به سبک استدلال آزاد و برهان منطقى سخن گفت و مسائلى را که تا آن روز در میان فلاسفه جهان ، مورد توجه قرار نگرفته بود طرح کرده و در این باب بحدى عنایت به خرج مى داد که در بحبوحه ⁽⁶⁰⁾ جنگها به بحث علمى مى پرداخت .
3 - گروه انبوهى از رجال دینى و دانشمندان اسلامى را تربیت کرد ⁽⁶¹⁾ که در میان ایشان جمعى از زهاد و اهل معرفت مانند ((اویس قرنى و کمیل بن زیاد و میثم تمار و رشید هجرى )) وجود دارند که در میان عرفاى اسلامى ، مصادر عرفان شناخته شده اند و عده اى مصادر اولیه علم فقه و کلام و تفسیر و قرائت و غیر آنها مى باشند.
انتقال خلافت به معاویه و تبدیل آن به سلطنت موروثى 
پس از شهادت امیرالمؤ منین على علیه السّلام به موجب وصیت آن حضرت و بیعت مردم ، حضرت حسن بن على علیهماالسّلام که پیش شیعه دوازده امامى ، امام دوّم مى باشد متصدى خلافت شد ولى معاویه آرام ننشسته به سوى عراق - که مقر خلافت بود - لشکر کشیده با حسن بن على به جنگ پرداخت .
وى با دسیسه هاى مختلف و دادن پولهاى گزاف ، تدریجا یاران و سرداران حسن بن على را فاسد کرده بالا خره حسن بن على را مجبور نمود که به عنوان صلح ، خلافت را به وى واگذار کند و حسن بن على نیز خلافت را به این شرط که پس از درگذشت معاویه ، به وى برگردد و به شیعیان تعرض نشود، به معاویه واگذار نمود ⁽⁶²⁾ .
در سال چهل هجرى ، معاویه برخلافت اسلامى استیلا یافت و بلافاصله به عراق آمده در سخنرانى که کرد به مردم اخطار نموده و گفت :((من با شما سر نماز و روزه نمى جنگیدم بلکه مى خواستم بر شما حکومت کنم و به مقصود خود رسیدم )) ⁽⁶³⁾ !!
و نیز گفت :((پیمانى که با حسن بستم لغو و زیر پاى من است !!)) ⁽⁶⁴⁾ معاویه با این سخن اشاره مى کرد که سیاست را از دیانت جدا خواهد کرد و نسبت به مقررات دینى ، ضمانتى نخواهد داشت و همه نیروى خود را در زنده نگهداشتن حکومت خود به کار خواهد بست و البته روشن است که چنین حکومتى سلطنت و پادشاهى است نه خلافت و جانشینى پیغمبر خدا. و از اینجا بود که بعضى از کسانى که به حضور وى بار یافتند به عنوان پادشاهى سلامش دادند ⁽⁶⁵⁾ و خودش نیز در برخى از مجالس ‍ خصوصى ، از حکومت خود با ملک و پادشاهى تعبیر مى کرد ⁽⁶⁶⁾ اگرچه در ملا عام خود را خلیفه معرفى مى نمود.
و البته پادشاهى که بر پایه زور استوار باشد وراثت را به دنبال خود دارد و بالا خره نیز به نیت خود جامه عمل پوشانید و پسر خود یزید را که جوانى بى بندوبار بود و کمترین شخصیت دینى نداشت ، ولایت عهدى داده به جانشینى خود برگزید ⁽⁶⁷⁾ و آن همه حوادث ننگین را به بار آورد.
معاویه با بیان گذشته خود اشاره مى کرد که نخواهد گذاشت حسن علیه السّلام پس ‍ از وى به خلافت برسد؛ یعنى در خصوص خلافت بعد از خود، فکرى دیگر دارد و آن همان بود که حسن علیه السّلام را باسمّ شهید کرد ⁽⁶⁸⁾ و راه را براى فرزند خود یزید هموار ساخت . معاویه با الغاى پیمان نامبرده مى فهمانید که هرگز نخواهد گذاشت شیعیان اهل بیت در محیط امن و آسایش بسر برند و کمافى السابق به فعالیتهاى دینى خود ادامه دهند و همین معنا را نیز جامه عمل پوشانید ⁽⁶⁹⁾ .
وى اعلام نمود که هرکس در مناقب اهل بیت حدیثى نقل کند هیچگونه مصونیتى در جان و مال و عرض خود نخواهد ⁽⁷⁰⁾ داشت و دستور داد هر که در مدح و منقبت سایر صحابه و خلفا حدیثى بیاورد، جایزه کافى بگیرد و در نتیجه اخبار بسیارى در مناقب صحابه جعل شد ⁽⁷¹⁾ و دستور داد در همه بلاد اسلامى در منابر به على علیه السّلام ناسزا گفته شود (و این دستور تا زمان عمر بن عبدالعزیز خلیفه اموى ((10199)) اجرا مى شد) وى به دستیارى عمال و کارگردانان خود که جمعى از ایشان صحابى بودند، خواص شیعه على علیه السّلام را کشت و سر برخى از آنان را به نیزه زده در شهرها گردانیدند و عموم شیعیان را در هر جا بودند به ناسزا و بیزارى از على تکلیف مى کرد و هر که خوددارى مى کرد به قتل مى رسید ⁽⁷²⁾ .